Il metodo di controllo basato sulle procedure HACCP si basa su sette principi cardine. L’ osservanza di questi principi viene dimostrata attraverso la stesura del manuale di autocontrollo, che risulta quindi essere lo strumento cardine col quale l’HACCP, da sistema di definizioni e di regole teoriche, viene tradotto in pratica. Già dal 1995 la commissione mista FAO/OMS-Codex Alimentarius ha preparato e diffuso delle linee guida per l’applicazione del sistema. Ciascuna azienda, caratterizzata da condizioni produttive differenti che possono differire da quelle di altre aziende che producono lo stesso prodotto, deve poi adattare il metodo alla specifica linea produttiva. Le azioni che permettono di applicare correttamente le procedure HACCP sono convenzionalmente sette:
1) Identificare ed analizzare le condizioni di pericolo, che prevede la misura della possibile gravità (severity) e della probabilità di comparsa (risk). 
Da questo primo punto parte il lavoro di chi ha la responsabilità in azienda dell’HACCP. Si tratta innanzi tutto di definire il diagramma di flusso del processo di produzione, ovvero di dettagliare le tappe delle lavorazioni, dall'arrivo delle materie prime al prodotto finito. Una volta definito il diagramma, si passa ad identificare tutti i rischi che potrebbero verificarsi in ogni tappa del processo e a descrivere quali sono le misure preventive da adottare per il loro controllo, che possono essere esistenti o richieste.
2) Individuare i punti critici di controllo (Critical Control Points o CCP). Una volta definiti tutti i rischi e le azioni preventive correlate, il responsabile deve individuare e definire i punti nel processo di lavorazione dove il controllo diventa critico per la sicurezza del prodotto, detti appunto punti critici di controllo (CCP).
3) Stabilire i limiti critici. In questa fase occorre definire i limiti critici – che cioè non devono essere superati – per le misure preventive: saranno i riferimenti entro i quali l’operazione o fase produttiva (che comprende i CCP) si possa considerare sotto controllo. Sono proprio i limiti critici che descrivono la differenza tra prodotto sicuro e non in un particolare punto critico di controllo. Devono perciò essere identificati con un parametro misurabile. 
4) Stabilire le procedure per effettuare il monitoraggio dei punti critici di controllo. I CCP devono poter essere tenuti costantemente sotto controllo: a questo fine devono essere definiti i requisiti che permettono di mantenere il dominio (dall’inglese control = stato in cui sono adottate procedure corrette e raggiunti i requisiti) dei CCP. Congiuntamente devono essere indicate le procedure per rettificare il processo, se necessario, in modo da tenerlo sotto controllo. L’attività di monitoraggio deve essere in grado di scoprire eventuali mancanze che si possono verificare nel controllo dei CCP.
5) Stabilire le azioni correttive che devono essere intraprese quando il monitoraggio indica che un particolare CCP non è sotto controllo. Anche in questa fase si tratta di definire le azioni correttive e le responsabilità, affinché entrino a far parte dell’intero sistema di controllo. In pratica vengono specificate le azioni che servono a riportare il processo sotto controllo e le azioni per la gestione della produzione ottenuta mentre il processo era fuori controllo.
6) Stabilire le procedure per la verifica che il sistema HACCP è effettivamente operante. Tutti i dati che documentano l’applicazione dell’Haccp devono essere registrati. I dati infatti devono essere conservati per dimostrare che il sistema HACCP è operativo, sotto controllo e che, quando si sono verificate deviazioni dai limiti critici, sono state intraprese le azioni correttive appropriate. Ciò permette di dimostrare una produzione di prodotti sicuri all’Autorità competente.
7) Definire e specificare la documentazione relativa a tutte le procedure adottate. L’autocontrollo deve essere applicato costantemente e correttamente, perciò occorre attivare delle procedure per assicurare il suo funzionamento nel tempo.
