Un autoanticorpo è un anticorpo "anomalo" che riconosce delle strutture presenti in organi o tessuti propri dell'organismo che lo produce.
Gli autoanticorpi sono responsabili di alcune malattie definite autoimmunitarie; tra le più frequenti, una forma di diabete in cui vengono distrutte le cellule del pancreas che producono l'insulina, e il LES (lupus eritematoso sistemico) in cui molti organi vengono colpiti, in primo luogo il rene con insufficienza renale.