Il trascrittoma è l'insieme di tutti gli mRNA che sono trascritti dai geni per dar luogo a una proteina in un determinato momento. Infatti tutte le cellule che compongono il nostro organismo contengono l'intero genoma, ma non sintetizzano tutte le proteine che potenzialmente potrebbero generare.
Infatti l'espressione di ogni gene, cioè la realizzazione della proteina per cui codifica, è finemente controllata nel tempo e nello spazio.
Il controllo temporale è importante per esempio durante lo sviluppo embrionale, in quanto le cellule di un embrione hanno necessità funzionali diverse da quelle dell'adulto.
Un esempio di controllo spaziale è quello che avviene per l'insulina, il cui gene viene trasformato in proteina solo nel pancreas, anche se la sequenza codificante è presente in tutte le cellule.