Le STS sono dei piccoli frammenti di DNA che presentano la caratteristica di essere presenti una sola volta nel genoma.
Delle STS inoltre si conosce esattamente la localizzazione nei cromosomi e la sequenza.
Questi frammenti proprio per queste caratteristiche sono utili come punti di riferimento per posizionare i geni nella mappatura del genoma, pertanto è comune la localizzazione in geni in termini di posizione fra due STS note.