Il primer è un oligonucleotide composto da un numero variabile di nucleotidi in grado di legarsi al DNA in siti specifici, quando questo viene denaturato al calore, e permette l'ancoraggio della DNA polimerasi, l'enzima che sintetizza il DNA durante la fase di duplicazione del genoma che precede la divisione cellulare.
Con questo termine vengono inoltre indicate delle sequenze di 15-30 nucleotidi sintetizzate in maniera artificiale e utilizzate nella reazione a catena della polimerasi (PCR).
Questi primer vengono disegnati in modo a essere complementare ai tratti genici che fiancheggiano la sequenza che si vuole amplificare, e la composizione in basi viene scelta in modo che in ogni coppia di primer usata in un processo di amplificazione, la temperatura di legame sia uguali per le due componenti.
In ogni miscela di reazione si usano infatti due primer: il primer "forward", complementare alla sequenza iniziale di uno dei due filamenti del tratto da amplificare, e il primer "reverse", complementare alla parte finale dell'altro filamento.