Il genotipo è l'insieme delle caratteristiche genetiche di un organismo, considerate come insieme di determinati alleli.
È quindi l'insieme di tutti i geni di un organismo.
Non sempre il genotipo si manifesta come fenotipo, che pure ne è l'espressione, infatti un individuo può avere un determinato genotipo, ma non rappresentarlo fenotipicamente perché il fenotipo appare come risultante di tutti i geni di un individuo.
Per esempio un individuo può avere il gene che porta la caratteristica dei capelli rossi (genotipo: capelli rossi), ma avere i capelli castani (fenotipo: capelli castani). Ai figli si trasmettono solo i caratteri portati nel genotipo e non quello che veramente appare nel fenotipo, è per questo che si può avere un figlio con una malattia genetica mentre non è manifesta nei genitori o con per esempio il colore degli occhi azzurro come uno dei nonni e non scuro come il padre e la madre.
