Nato il 15 agosto 1841 a Padova, si laurea in Matematica nella città natale nel 1862. Dal 1866 è assistente alla Scuola di Fisica nello Studio filosofico, nel 1869/70 ricopre la cattedra di Fisica e dal 1870 al 1873 è incaricato di Fisica tecnologica nella Facoltà matematica. Nel 1873, con l'istituzione della Facoltà di Scienze MFN, ottiene l'incarico di Fisica tecnologica.
Contemporaneamente è assistente di Francesco Rossetti nel Gabinetto di Fisica. Dal 1874 al 1878 è professore straordinario della stessa materia nella Scuola di Applicazione per ingegneri.
Nel novembre 1878 è nominato ordinario di Fisica sperimentale a Torino, insegnamento che tiene fino all'ottobre 1916. Sempre a Torino è direttore della Scuola di Farmacia (1879-1881), Rettore (1889-1892) e direttore della Scuola di Magistero annessa alla Facoltà di Scienze (1908-1918).
Dobbiamo a Nàccari l’iniziativa della costruzione del nuovo Istituto di corso D’Azeglio, inaugurato nel novembre 1898. Nel 1916 è Preside della Facoltà di Scienze, carica che tiene fino al 1919. Fu Presidente della Accademia delle Scienze dal 1918 al 1922. Morì a Torino il 2 ottobre 1926.
