Il progetto editoriale è stato realizzato da Umberto Eco che ha coordinato, per il primo cd rom uscito dedicato al cinquecento, un comitato scientifico formato da Anna Ottani Cavina, Ezio Raimondi, Pietro Corsi, Roberto Leydi, Aldo Schiavone e decine di ricercatori ed esperti della storia e della cultura, impegnati a ricostruire gli sviluppi della Storia, della Tecnologia, delle Arti visive, della Scienza, della Filosofia, della Letteratura, della Musica, della Religione, dell'Economia.
Il lavoro su Encyclomedia ha inizio dal Desktop, una scrivania virtuale: qui un chiaro sistema di icone e finestre consente all'utente di dare inizio alle proprie ricerche. Gli ambienti principali accessibili dal Desktop sono quattro: la Biblioteca, lo Schedario, le Cronologie interattive, l'Atlante storico animato. Un sistema di icone e un'interfaccia grafica assai funzionali garantiscono una navigazione agevole e una grande semplicità di orientamento.
La Biblioteca di Encyclomedia contiene i Libri. Si tratta di testi originali, pensati e redatti, cioè, specificamente per un uso interattivo, dedicati ad aspetti specifici della storia europea. In ogni cd-rom la Biblioteca contiene 200 Libri dedicati alla storia politica, economica e sociale; alla letteratura e al teatro; alle arti visive; alla musica; alla filosofia e al pensiero religioso; alla scienza e alla tecnologia. I Libri contengono un vasto repertorio di materiali multimediali: più di 2000 immagini, decine di animazioni, due ore di confronti musicali, filmati, letture di brani letterari, citazioni, informazioni bibliografiche. L'indice di ciascun libro consente di accedere a Libri di argomento affine, alle tavole delle Cronologie interattive relative agli argomenti del Libro in questione, a carte geografiche e, infine, alle mappe tematiche dell'Atlante storico.
Lo Schedario è esso stesso un ipertesto: contiene infatti circa 10.000 Schede che forniscono informazioni su eventi particolari e termini tecnici o specialistici. Ciascuna scheda contiene anche alcune parole evidenziate che consentono di aprire nuove schede le quali, a loro volta, rimandano ad altre schede di consultazione: lo Schedario può attivare, così, una rete di decine di migliaia di collegamenti. Le Cronologie interattive sono finestre organizzate secondo i due assi cartesiani: in ascissa è indicata la dimensione temporale, mentre in ordinata è possibile disporre una ripartizione tematica (storia, letterature comparate, arti, filosofia, scienza e tecnologia, musica) oppure geografica (secondo i singoli stati nazionali). Tempi, temi e luoghi sono inseriti in un complesso Thesaurus di informazioni che permette approfondimenti su ciascuno dei diversi assi. In questo modo l'utente può organizzare una cronologia della storia della letteratura, o una tavola che evidenzi i rapporti fra scienza e filosofia in Europa. Ogni tavola cronologica seleziona eventi-etichette che rimandano a schede: l'utente può così elaborare ricerche individuali sui contenuti di Encyclomedia e visualizzare la complessità di eventi simultanei e interrelati.
L'Atlante storico animato è l'ambiente di orientamento geografico e consente di visualizzare la localizzazione di qualunque toponimo menzionato in Encyclomedia, e di accedere, usando il mouse, ad aree geografiche sempre più circoscritte. L'Atlante fornisce inoltre un riferimento generale alla geografia attuale, ma soprattutto descrive la geografia politica dell'Europa di quel secolo seguendo le evoluzioni che, anno dopo anno, hanno trasformato l'Europa.
Il prezzo è riferito ad ogni cd-rom.
