Le proteine sono composte da aminoacidi.Ogni aminoacido ha una struttura base che comprende un gruppo aminico (che chiamiamo N) legato ad uno di carbonio (che possiamo chiamare C1), a sua volta legato ad un gruppo carbossilico (che possiamo chiamare C2), come in una catena (N-C1-C2).
Al C1 sono legati altri atomi che conferiscono le caratteristiche proprie di ogni aminoacido.
Gli aminoacidi sono legati fra di loro grazie a legami covalenti fra il gruppo C2 di un aminoacido (es.: aminoacido A nella figura) e il gruppo N dell'aminoacido successivo (es.: aminoacido B nella figura).
NA-C1A-C2A-NB-C1B-C2B
Poiché la proteina è una catena di aminoacidi uno in fila all'altro, il primo avrà il suo estremo N non occupato da nessun legame (NA in figura), e l'ultimo l'estremo C2 libero (C2B in figura).
Per indicare un estremo delle proteine si utilizza quindi il termine N-terminale o C-terminale per riferirsi rispettivamente all'inizio o alla fine della proteina stessa.
