Il microscopio ottico invertito consente di osservare a grandi ingrandimenti (fino a 1000x) cellule poste in una piastra, che non sarebbe possibile osservare in un microscopio normale a causa dello spessore del contenitore.
In questo modo è possibile osservare le cellule quando sono in coltura, quindi vive, per decidere le manipolazioni da effettuare.