L'elettroforesi è il processo attraverso il quale molecole come il DNA, l'RNA e le proteine possono essere separate in base alle loro dimensioni e alla carica elettrica, applicando una differenza di potenziale al supporto in cui queste molecole vengono fatte migrare.
La corrente elettrica fa muovere le molecole attraverso un supporto costituito da un gel, che in genere ha la consistenza di una gelatina solida.
Le sostanze che vengono utilizzate per realizzare il gel fanno sì che questo contenga dei pori, la cui dimensione può essere stabilita a priori scegliendo accuratamemnte la sostanza polimerizzante che formerà il gel, e la sua concentrazione.
In questo modo potranno essere separate molecole che possiedono determinate differenze in peso e forma.
In particolare le molecole più piccole passeranno più facilmente attraverso i pori e migreranno quindi più distalmente rispetto a quelle più grandi.