Il trattamento degli effluenti liquidi avviene mediante l'utilizzo di microrganismi che possono essere aerobici, ovvero vivere in presenza di ossigeno, o anaerobici e quindi non richiedere la presenza dell'ossigeno.
Gli effluenti liquidi vengono in ogni caso trattati con "fanghi" attivi capaci di metabolizzare e quindi di eliminare gli effluenti liquidi.
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