L'acqua è un laboratorio in cui avvengono reazioni chimico-fisiche e biologiche che le permettono di autodepurarsi dalle sostanze contaminanti.
Quando il livello di inquinamento degli scarichi è elevato, è possibile ricorrere a strategie ecologiche che incrementano il processo naturale di autodepurazione: per esempio è ormai largamente sperimentata l'azione disinquinante di alcune specie di piante lacustri, come la comunissima Typha latifoglia, che sono in grado di fare la rizofiltrazione, processo con il quale assorbono sostanze tossiche, come i metalli pesanti, dalle acque.
Grazie ad esse, è possibile realizzare impianti di fitodepurazione che trovano utilizzo in diverse realtà. Possono ad esempio essere inserite, come ulteriori depuratori, tra gli scarichi e i ricettori dei depuratori convenzionali o a valle di questi, quando vengono scaricate acque reflue ancora troppo inquinanti, come nel caso degli scarichi industriali e civili di grandi dimensioni.
Come depuratori veri e propri possono trovare applicazione per la depurazione degli scarichi per insediamenti civili di piccole dimensioni. In particolare, la fitodepurazione ha dimostrato di rivestire un interesse pratico per i siti abitativi rurali, per i quali il collegamento alla fognatura pubblica non è agevole o troppo costoso, e per la depurazione delle acque nere, dei residui derivanti da allevamenti zootecnici o dalle lavorazioni casearie.
Gli inquinanti presenti nelle acque di scarico vengono rimossi dalle piante ripulitrici grazie ad un complesso processo biochimico: esse assimilano nei loro tessuti le sostanze nocive legandole a molecole organiche presenti a livello dei vacuoli cellulari. Così bloccate, le sostanze non sono più dannose per l'ambiente e nello stesso tempo non sono in grado di nuocere al metabolismo vegetale.
Le piante inoltre ospitano sulle proprie radici dei microrganismi che, grazie a reazioni ossidative che fanno parte del loro metabolismo, svolgono gran parte del processo di rapida degradazione della materia organica.
Si tratta di sistemi innovativi, che riuniscono le positive caratteristiche di essere semplici, a basso costo e di migliorare l'ambiente, devono comunque tenere nel dovuto conto, in fase progettuale, della qualità delle acque da trattare e della portata da smaltire. La semplicità dell'impianto non deve comunque far trascurare la manutenzione che, pur se ridotta e non specializzata, è necessaria per garantire il buon funzionamento del sistema, per evitare fenomeni di mineralizzazione che compromettono l'efficacia della capacità depurativa. Bisogna inoltre considerare che i vegetali che si sono caricati di sostanze inquinanti, quando si tratta di metalli pesanti e radionuclidi, devono essere smaltiti come rifiuti speciali, previo incenerimento.
L'acqua che viene depurata dalle piante disinquinanti, raccolta con idoneo sistema nel pozzetto di controllo, è utilizzabile per usi irrigui, data la sua ricchezza in nutrienti, o come acqua non potabile per uso abitativo ( vaschette wc, lavaggio macchine e attrezzature aziendali, ecc.). 
Una ulteriore possibilità, non convenzionale, per lo smaltimento delle acque luride domestiche viene offerto dalle piante che effettuano la fitovolatilizzazione. Si tratta di un processo di fitorisanamento grazie al quale la pianta, una volta assorbite sostanze nocive come ad esempio selenio e mercurio, li libera in forma diluita nell'atmosfera attraverso l'evapotraspirazione.
Nel caso in cui si adottino piante sempreverdi, è garantita la presenza di una rigogliosa macchia verde, nei pressi dell'abitazione, per tutto l'anno.
