Nacque a Torino nel 1866. Compì i primi studi in famiglia continuandoli nel liceo Gioberti, dove, appena sedicenne, cominciò a collaborare con «L'opinione letteraria di Roma», la «Nuova rivista» e la «Gazzetta letteraria» di Torino. Iscrittosi alla Facoltà di Lettere nel 1884, frequentò i corsi di Storia moderna di Carlo Cipolla, con cui si laureò nel 1888: durante gli studi universitari fondò il giornale «La letteratura», privo di un programma preciso ma forte della collaborazione di nomi illustri: Michele Lessona, Antonio Fogazzaro, Arturo Graf, Edmondo De Amicis, Cesare Lombroso, Salvatore Cognetti de Martiis. Nel 1891, nel tentare radicali modifiche della rivista, suscitò discussioni che ne provocarono la chiusura. Tre mesi dopo la laurea vinse il concorso per l'insegnamento nelle scuole superiori. Cominciò ad aver peso il suo carattere difficile, innervato dalla convinzione di appartenere alla nobiltà medievale e dal suo schieramento, oltreché monarchico, massone e anticlericale. Peregrinò per gran parte d'Italia, da Aosta a Trani, per tornare sette anni dopo al liceo classico Cavour. Le divergenze con Cipolla lo tennero poi lontano dall'università torinese: insegnò Storia Moderna prima a Messina e poi a Genova dove, incaricato anche di Storia antica e di Letteratura italiana, rimase sino alla morte. Le istituzioni culturali torinesi, ormai controllate dallo stesso mondo accademico, non gli si aprirono.
Ne fondò allora una, nel 1895: la
La sua tesi, del 1903, su Le origini signorili del comune, aprì una discussione con Gioacchino Volpe che, con la sua giustificata opinione negativa, emarginò di nuovo Gabotto dal dibattito nazionale. La sua curiosità non si lasciava tuttavia scoraggiare. Il sabaudismo lo indusse a occuparsi anche di storia del risorgimento, con saggi pubblicati nel periodico «Il Risorgimento», da lui stesso fondato negli ultimi anni di vita. La sua cultura (aiutata dai suoi vari insegnamenti) si era anche aperta alle letterature romanze: se ne ebbe prova nello studio L'elemento storico nelle «Chansons de geste» e la questione delle loro origini, pubblicato postumo nel «Bollettino storico-bibliografico subalpino». Morì a Torino nel 1918.